根据农业部等6部门《关于开展农村土地承包经营权登记试点工作的意见》(农经发[2011]2号)提出的“保持稳定、尊重历史、照顾现实、分类处置的原则”，对实施农村二轮土地承包时，承包合同由发包方村组干部或他人代签的承包地：
1、承包方对承包关系无异议的，应以代签的承包合同为依据，查实承包农户土地承包关系信息，依据查实后的土地承包信息，补签土地承包合同，补发承包经营权证书，补充完善承包经营权登记备案手续。
注意：农户不签土地承包合同，一旦发生纠纷，因缺乏有效的法律证据，其土地承包经营权益可能得不到法律保护。
2、有异议的，应提交村民会议审议，采取民主协商、村民自决的方式，依照法定程序，确定农户家庭土地承包关系后，再进行确权登记颁证。
上述2种土地确权情况的处理也适应于农村二轮土地承包时发包方与农户未签订承包合同、未颁发经营权证书的问题。
当事人在变更土地承包合同时，应注意什么?
⑴变更的土地承包合同必须是已经发生法律效力的合同。
⑵被变更的土地承包合同必须尚未履行或者正在履行过程中。
⑶土地承包合同变更有广义和狭义之分。
狭义的变更是指土地承包合同的客体和内容的变更，即对土地承包合同标的、数量、质量、履行期和地点、履行方式以及违约责任等条款的修改、补充或删除;
广义的变更还包括土地承包合同主体的变更，即土地承包合同的转让。
⑷土地承包合同的变更，是当事人之间的一种法律行为，因此除法律另有规定外，土地承包合同的变更应达成协议，协议未达成前，原土地承包合同仍然有效。
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