对于金融机构破产清算程序其实还是适用破产法的一般规定，但是以特别法律和行政法规无特别规定的事项为前提。下面是详述：
一般来讲，商业银行、证券公司、保险公司等金融机构应该适用破产法所规定的程序。但由于这类金融机构的资产分为自有资产和客户资产两部分，破产时需要对其客户资金的保护作出专门规定，同时由于这类机构破产时涉及人数众多，社会敏感度较高，对金融机构启动重整或破产清算程序需由国务院金融监督管理机构向人民法院提出申请。为了建立金融机构破产的法律机制，破产法第134条规定，对于金融机构的破产，国务院可以依据有关法律的规定制定实施办理。这里所说的“有关法律的规定”，主要包括商业银行法第71条、保险法第118条。对于证券公司的破产，证券法尚无特别规定。金融机构破产，特别法律和行政法规无特别规定的事项，适用破产法的一般规定。
而一般在提出破产申请后，法院如受理破产清算案件，通常按下列程序进行：
1、成立清算组。
2、通知债权人申报债权。
3、召开债权人会议。
4、确认破产财产。
5、确认破产债权。
6、拨付破产费用。
7、破产财产清偿顺序。
8、破产清算的结束。
接下来举个例子，如商业银行的破产清算：
(1)破产条件及适用法律。商业银行不能支付到期债务，经银监会同意，由人民法院宣告破产，并组织银监会等部门和有关人员成立清算组对银行的债权债务进行清算。
(2)商业银行破产的条件主要有三个：
①不能支付到期债务;
②银行经营状况持续恶化，亏损加重;
③债权人或银行自己申请，并经银监会同意。
(3)破产清算支付顺序。商业银行破产清算时，在支付清算费用、所欠职工工资和劳动保险费用后，优先支付个人储蓄存款的本金和利息，在此支付后剩余的破产财产才能按顺序支付国家的税款，之后的剩余才能清偿普通的债权。
当然现在也有不少人提出要建立适合我国国情的银行业金融机构处置和破产法律体系，加强行政退出与司法破产之间的有效衔接，推进金融市场退出机制常态化、规范化。
上文便是对金融机构破产清算程序的全部分析结果，在其他部门法无特殊规定的情况下，金融机构还是使用破产法的一般规定的，但是目前考虑到金融机构本身的特殊性，相信在不久之后，我国的有关专门适用于金融机构的破产程序方面的法律体系也将逐步建立起来。如您想获得更多相关的法律咨询，建议您登录网站咨询专业律师。
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