公司组织机构设置是否完善及各组织机构之间的关系是否协调和有效率，直接关系着公司治理的效果。公司组织机构设置的基本框架通常由法律直接规定，而具体的权力划分及细节的设置则需要公司根据自身特点和需求完善。
1、组织机构设置的原则
公司组织机构设置的原则，是指在公司法和公司章程的框架下构造公司的组织机构，明确其各自的职权范围，协调相互运作关系，以期望实现良好的公司治理时所应贯彻的基本精神和规则性要求。
（1）股东权力原则
在公司财产上，虽然从法律角度看，公司作为法人财产的合法所有人，而股东只享有对公司的股权。尽管在法律上股东已经丧失了所有权，但在实质上，他们仍是公司财产的所有者，这不仅因为股东仍通过股东会和行使股东权对公司财产施加着间接的控制，也不仅因为股东仍是公司一切经营利益的受益者，而且最重要的是当公司解体时，股东将是公司剩余财产的分配者或享有者。
基于这样的原因，公司组织设置原则首要的就是确定股东对公司事务的最终决定权，即股东会是公司的最高权力机构。
（2）激励与约束并举的权力制衡原则
在制度设置时，必须将所有的人都考虑为理性的“经济人”，其行为目的都是为了追求自身利益最大化的结果。然而，公司股东、董事、经理之间利益并非完全一致，为了避免公司的各种利益主体在追求自己利益最大化时损害股东及利益相关者的权利，就必须对其进行约束以达到权力的平衡。权力失衡将导致股东利益受到损害，从而产生法律风险。如果信息透明无法实现，该法律风险常常要等到造成企业致命损害时才得以发现。
完全的约束和监督并不能保障相关人员积极履行职责，为实现各主体之间付出与收益的相对均衡，建立必要的激励机制不可或缺。
（3）信息透明度原则
这种信息透明度并非单指上市公司依照法律规定所承担的信息披露义务，也包括非公众公司内部的信息透明度。公司治理的一个难点就是信息不对称，董事、经理实质负责公司经营管理，对公司的有关信息了解较为充分，而股东可能无法获得董事、经理行为的充分信息，从而无法有效评价和监督。通过制度设立，保障公司治理中需要了解的信息能够及时、准确了解，是公司组织机构有效运行的基本前提。而对此问题，法律规范过于原则和笼统，缺乏实际操作价值，公司自行设计行之有效的制度显得十分必要，尤其在有限责任公司里，建立保障信息透明度的制度有着内在需求。
缺乏信息透明，董事、经理的道德危机产生的损害无法估量，而法律风险孕育其中。
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