两者责任主体不同。
停工留薪是《工伤保险条例》规定的一个概念，责任主体是用人企业，指职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资、薪水、福利、保险等待遇不变，由所在单位按月支付。
而误工费是针对侵权人而言的一个概念，属于民事赔偿范围。
《工伤保险条例》第33条规定：“职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。”据此，职工治疗工伤休息期间，用人单位应当按照原工资标准向职工支付待遇。因第三人侵权导致职工工伤的，根据《侵权责任法》和《社会保险法》的规定，职工既可以向侵权的第三人要求民事侵权赔偿，也可以享受工伤保险待遇。
根据上述规定，当工伤待遇与民事侵权产生竞合时，除工伤医疗费用外，法律不禁止工伤职工享受工伤保险待遇后再获得民事赔偿。《社会保险法》、《工伤保险条例》没有规定第三人侵权造成工伤的，应当扣减第三人赔偿的误工费，因此职工在已经获赔误工费的情况下，仍有权享受停工留薪期工资。
二、误工费包括哪些项目?
1、误工费包括：工资、资金、津贴、课酬等。
2、误工费包含全日制工作收入和兼职工作收入。
3、须以“实际减少”的收入赔偿依据(差额赔偿原则)。
如：受害人为某些单位人员时，其因受伤而误工时，单位并不一定会扣发部分或全部收入。
4、受害人为企业经营者时不包括其所丧失的企业经营利益损失。
因为企业经营利益并非单纯企业经营者劳动所创造，其还包括资金、设备、组织管理、知识产权等多种因素综合作用的结果。但企业经营者在其不能工作的时间内雇佣与自己具有相同能力的人管理企业或财产的费用则应作误工费予以赔偿。
三、能够证明误工时间的证据材料有哪些?
1、正常情况下，根据医疗机构的医嘱。即医疗机构应当签发医嘱，提出休息时间、需要营养和护理的时间建议;
2、工作单位可出具受伤人员误工时间的证明;
3、可申请司法鉴定机构对误工期长短进行鉴定，凭鉴定文书确定误工时间。
由此可见，停工留薪期的责任主体这是工伤事故当中直接和用人单位索赔的，但是误工费就是针对意外事故当中给我们造成人身伤害的侵权人来索赔了。不过不论是停工留薪还是误工费都有一个共同点，都是直接和在原用人单位的正常的工资收入是分割不开的。这就是对停工留薪和误工费飞区别主要是什么的详细解释了。
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