2008年1月1日起实施的《劳动合同法》第4条规定：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
因此，由上述可知，用人单位制定涉及职工切身利益的规章制度时，一是要经职工讨论，二是公示或者告知职工，三是不得违反法律法规的规定。
如果用人单位有关员工迟到扣工资的规定符合这三个条件的情况下制定是不违法的。
二、关于劳动争议案件
劳动争议案件是劳动关系的双方当事人之间因劳动权利和义务而发生纠纷引发的诉讼案件。
对于劳动争议案件中劳动者工资标准的举证责任，应当根据现行的法律规定寻找相应的依据，以将这种责任标准予以法定化，避免不确定和不统一的自由裁量。根据劳动部《工资支付暂行规定》第6条规定：“用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单”，因此，劳动者工资支付凭证的制作和保存是用人单位应承担的一项法定义务，该项法定义务不因任何事由而免除，而这项法定义务的不履行所带来的不仅仅是承担相应的行政法律责任，同时还应承担由此引起的其它民事责任。因此，在仲裁或诉讼中，在劳动者无法举证证明自己工资的情况下，仲裁庭或法庭可以根据上述规定要求用人单位提供劳动者的工资支付凭证，以查明劳动者真实的工资收入情况。那么接下来的问题是，如果用人单位还是拒不提供怎么办?是否可以直接要求用人单位承担举证不能的不利后果?
对此，《劳动争议调解仲裁法》第6条规定“发生劳动争议，当事人对自己的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供;用人单位不提供的，应当承担不利后果”，因此，如果劳动者无法举证证明其工资标准，而用人单位又故意以未保存工资支付凭证或已丢失等不正当理由拒不提供或仅是否认劳动者所主张的工资标准的情况下，完全可以依照《工资支付暂行规定》以及劳动争议调解仲裁法的上述规定，推定劳动者主张的工资标准成立。
在这里，法律所体现的是公平正义原则，法律认为，如果用人单位无正当理由拒不提供，其主要原因即是一旦提供工资支付凭证，所计算的工资标准将会高于劳动者的主张，所以用人单位拒绝提供，在这样的情况下，法律则直接推定劳动者的主张成立，并将劳动者的主张作为裁决的依据，以最大程度地体现法律的公平正义。因此在此时，只要劳动者向仲裁庭或法庭提出了自己的工资标准主张，法庭即可依据上述规定推定劳动者的主张成立。在这里，这种“推定”所表现的即是举证责任倒置的举证规则，目的即在于在用人单位拒绝承担应负的工资标准举证责任的情况下，依法应承担举证不能的法律后果。
以上就是的我们为您整理的有关扣工资的劳动争议案件的具体内容，用人单位必须参照相关法律法规制定自己企业的规章制度，惩罚必须是在不违法的情况下，一旦制度不合理，引起了纠纷，员工可以打劳动保障热经12333进行投诉，也可以到当地的劳动站或者人力资源和社会保障局进行投诉，来保障自身权利
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