股权转让协议一般自双方签字或盖章之日起生效，股权转让款的交割和变更手续的办理在协议生效之后。
实践中，大多数民营中小企业的股权转让款支付一般在签订合同后支付一部分，在办理完毕变更手续后支付一部分，在 企业证照交割后交付一部分，最后保留一部分尾款。
二、股权转让的一般程序
根据我国现行法律、法规及行政规章的规定:股权转让的程序主要如下：
1、召开公司股东大会，研究股权出售和收购股权的可行性，分析出售和收购股权的目的是否符合公司的战略发展，并对收购方的经济实力经营能力进行分析，严格按照公司法的规定程序进行操作。
2、聘请律师进行律师尽职调查。
3、出让和受让双方进行实质性的协商和谈判。
4、 出让方(国有、集体)企业向上级主管部门提出股权转让申请，并经上级主管部门批准。
5、评估、验资(私营有限公司也可以协商确定股权转让价格)。
6、 出让的股权属于国有企业或国有独资有限公司的，需到国有资产办进行立项、确认，然后再到资产评估事务所进行评估。 其他类型企业可直接到会计事务所对变更后的资本进行验资。
7、 出让方召开职工大会或股东大会。 集体企业性质的企业需召开职工大会或职工代表大会，按照《中华人民共和国工会法》规定的程序形成职代会决议。 有限责任公司需召开股东(部分)大会，并形成股东大会决议，按照公司章程规定的程序和表决方法通过并形成书面的股东会决议。
8、 股权变动的公司需召开股东大会，并形成决议。
9、 出让方和受让方签定股权转让合同或股权转让协议。
10、 由产权交易中心审理合同及附件，并办理交割手续(私营有限公司可不需要)。
11、 到各有关部门办理变更、登记(包括动产、不动产及知识产权)等手续。
《公司法》第七十一条 有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例;协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
股权转让的流程一般是先签订股权转让协议，再收取股权转让款。股权转让双方都需要规避股权转让过程中的风险，对股权转让当事人而言，最好的股权转让流程应该是双方先签订股权转让协议，由受让方先支付一部分的股权转让款，在股权变更手续办理完成之后再交付剩余部分的款项，双方应在协议中进行约定 ，万一产生纠纷，可以有效地保障自己的合法权益。
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