企业申请破产后的破产清算内容涉及到非常多的方面，其中破产清算的税收层面是很多人都弄不清楚的，不知道要如何去处理。而且企业申请破产的过程中很多人容易忽视这一点，后续可能处理起来就会非常麻烦，遇到问题也不好解决。那企业破产清算税会有什么问题呢？
一、企业破产清算中的税收问题
在《财政部 国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕60号)中提到，企业应进行清算所得税处理主要包括以下两种情况：按《公司法》、《企业破产法》等规定需要进行清算的企业；企业重组中需要按清算处理的企业。
(一)企业破产清算中的所得税处理
根据《企业破产法》的相关规定，破产清算是出现在企业法人不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力。
根据国家税务总局关于印发《企业资产损失税前扣除管理办法》的通知(国税发〔2009〕88号)第三十七条的规定：企业符合条件的股权(权益)性投资损失，应依据下列相关证据认定损失，其中第二种情况就是有关被投资方破产公告、破产清偿文件。这就是说，在企业出现破产清算的情况下，企业的投资者无需等到破产企业进行完企业层面的所得税清算业务后再进行投资者层面的所得税清算。
因此，在企业破产清算中，投资者层面的所得税处理非常简单。企业投资者只需要根据国税发〔2009〕88号的规定，向税务集团提供被投资产的破产公告即可向税务机关进行该项投资资产损失的报批手续，确认资产损失在当年企业所得税汇算清缴时扣除。对于个人投资者，该项投资无所得，也就不涉及任何所得税处理。
(二)破产企业欠税债权申报和清偿
1、税收债权的申报。我们前面已经分析过，在新《企业破产法》下，破产企业欠税而形成的税收债权，税务机关也需要在破产债权申报期内向法院进行申报。
2、税收债权的清偿顺序。根据《税收征收管理法》 第四十五条税务机关征收税款，税收优先于无担保债权，法律另有规定的除外；纳税人欠缴的税款发生在纳税人以其财产设定抵押、质押或者纳税人的财产被留置之前的，税收应当先于抵押权、质权、留置权执行。 纳税人欠缴税款，同时又被行政机关决定处以罚款、没收违法所得的，税收优先于罚款、没收违法所得。同时，根据 《企业破产法》第一百一十三条规定：破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
（1）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；
（2）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
（3）普通破产债权。破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。因此，国家税款在企业破产中是作为第二清偿顺序优先受偿的。
3、滞纳金和罚款的申报和清偿问题。根据最高人民法院《关于审理企业破产案件若干问题的规定》第六十一条的规定：行政、司法机关对破产企业的罚款、罚金以及其他有关费用和人民法院受理破产案件后债务人未支付应付款项的滞纳金不属于破产债权。同时，根据《国家税务总局关于税收优先权包括滞纳金问题的批复》(国税函〔2008〕1084号)的规定：按照《中华人民共和国税收征收管理法》的立法精神，《税收征管法》第四十五条规定的税收优先权执行时包括税款及其滞纳金。因此，作为破产债权申报的滞纳金只应计算到法院受理破产案件前，破产案件受理后则不宜再计算税收滞纳金。法院受理破产案件前，破产企业欠税以及由此产生的滞纳金应一并作为破产债权申报，且滞纳金和税款一样享受税收优先权。而税务机关对于破产企业作出的罚款在我国破产法中是作为除斥债权，而排除在破产债权之外的。
4、破产对税收保全措施的限制。根据《企业破产法》第十九条规定：人民法院受理破产申请后，有关债务人财产的保全措施应当解除，执行程序应当中止。因此，一旦进入破产程序，税务机关对于尚未解除税收保全及强制执行措施的税收债权而言优先性将丧失。
(三)破产企业财产变卖环节的税收债权的申报与清偿
在破产清算环节，管理人应当及时拟订破产财产变价方案，通过变卖破产企业的财产来清偿破产企业所欠债权人的债务。但在破产企业的财产在变卖环节会涉及一系列的税收问题。比如，涉及存货、不动产在变卖环节会涉及到增值税、消费税、营业税、土地增值税、印花税、城市维护建设税。资产有增值的还涉及到企业所得税。
根据《企业破产法》第四十一条第二款的规定：管理、变价和分配债务人财产的费用属于破产费用，而破产费用是不需要进行债权申报的，且根据第四十三条的规定：债务人财产不足以清偿所有破产费用和共益债务的，先行清偿破产费用。因此，破产费用在破产财产清偿顺序中属于第一位的。
(四)破产企业共益债务的申报和清偿问题
在企业申报破产后，企业可能还有尚未履行完的产品销售合同或房屋租赁合同等其他经济合同。根据《企业破产法》第十八条规定：人民法院受理破产申请后，管理人对破产申请受理前成立而债务人和对方当事人均未履行完毕的合同有权决定解除或者继续履行，并通知对方当事人。假设，管理人认为继续履行合同对破产企业有利，而选择继续履行的，则继续履行合同则会产生相应的流转税和企业所得税问题。比如房屋租赁合同的继续履行就会涉及到营业税、城市维护建设税、印花税、房产税和企业所得税。
根据《企业破产法》第四十二条的规定，因管理人或者债务人请求对方当事人履行双方均未履行完毕的合同所产生的债务为共益债务。根据《企业破产法》第四十三条的规定：破产费用和共益债务由债务人财产随时清偿。债务人财产不足以清偿所有破产费用和共益债务的，先行清偿破产费用。债务人财产不足以清偿所有破产费用或者共益债务的，按照比例清偿。
企业申请破产的过程中有许多问题都是需要我们去解决的，虽说企业申请破产后可以避免许多的债务问题，但是程序是非常严谨的，不会存在为了逃避债务问题而申请破产，如果存在非法问题的话申请是无法通过的。所以。
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