一、患者与医院协商解决
发生医疗纠纷后，医患双方进行沟通，双方达成共识后，签订调解协议书，以此种方式解决医疗纠纷，通常称之为“私了”。由于医患双方医疗纠纷本质上是平等的医患主体双方的民事争议，依据民法自治原则，医患双方可以通过协商来解决。需要注意的是，和解必须建立在双方当事人完全自愿的基础之上，任何一方或第三方均不得强迫另一方接受协商解决方式，同时，和解必须坚持合法性原则，即不得违反法律法规的有关规定，损害国家、集体或他人的合法权益，否则达成的协议将归于无效。据调查显示，85%以上的医患纠纷都是通过此种方式解决的。在医疗纠纷激增的今天，医疗纠纷的协商解决方式仍然为有效，也是便捷地解决医疗纠纷的好方法。
优点：首先，患者与医院协商解决是以妥协而不是对抗方式解决纠纷，有利于维护社会稳定，维持医院正常的工作秩序;其次，当事人有更多机会自行参与纠纷的解决，不具有强制性;第三：有利于保护个人隐私;第四，经当事人理性的协商和解决，能达到双赢的结果。因此，总的来说，医患双方自行协商解决纠纷，具有省时、省心、经济的特点，它因能快捷有效地化解矛盾，保护医患双方的合法权益，维护医疗秩序，保持社会稳定，从而成为解决医患纠纷最好的方式之一。
缺点：尽管和解可以消除纠纷，但是由于此种方式是医患双方自行协商解决的，运作中的随意性使得人们对和解的公平性、合法性信心不足，医患双方的和解有可能排斥了本应介入的卫生行政部门和检察机关对相关责任人的追究，从而使责任人逃避法律制裁。同时，所达成的协议没有相应的法律约束力，任何一方都有可能发生反悔，容易导致更大的风险和重复成本。
二、卫生行政部门调解解决
我国卫生行政部门是政府的一级职能部门，其职责主要是贯彻实施政府的卫生方针政策，保障人民的健康，因此卫生行政部门参与处理解决医疗纠纷是由其职责所决定的，当医疗机构和患者单独协商不能达成协议时，可以由当地卫生行政部门调解协商解决。2002年9月1日，国务院颁布了《医患事故处理条例》，把卫生行政部门调解作为解决医疗纠纷的必经程序，即发生医疗纠纷后，必须先经过卫生行政部门的行政调解，否则不得提起诉讼，使卫生行政部门的调节成为医疗纠纷诉讼的前置程序。
优点：通过卫生部门调解解决医疗纠纷的优点主要是：其一，快速方便。作为行业主管机关，卫生行政部门所具有的专业认知能力是其他纠纷解决机制所不具有的;其二，节约费用。卫生行政部门解决医疗纠纷是职权行为，费用较低甚至不产生费用;其三，效力较强。行政裁决一经作出，就具有法律效力，具有强制性。其四，对行政裁决的不服，可以通过行政复议或诉讼再次进行解决。
缺点：根据《医疗事故处理条例》的规定，卫生行政机关调解医疗纠纷是以医学会作出的医疗事故鉴定结论为依据，医学会组织的医疗事故技术鉴定专家主要来自医疗机构，医疗事故鉴定因所谓医医相护“既当运动员又当裁判员”而导致患方对其医疗事故技术鉴定的结论难免产生质疑，因为卫生主管部门与医疗机构的特殊关系，在处理该类纠纷中无论是机构或过程都难以使病人满意。因此，卫生行政机关根据医疗事故技术鉴定结论提出的调解意见有时难以得到患方的信服，难以成功解决医疗纠纷。
三、民事诉讼方式解决
当卫生行政部门也不能成功调解时，医疗纠纷可以通过司法途径来解决，即发生民事诉讼。一般来说，人民法院在审理医疗纠纷前，都要劝双方进行调解，并以法官身份提供第三者的帮助，称之为司法调解。医患纠纷经司法调解仍不能解决纠纷，法官不得不进行司法裁决，以国家强制力为保障解决纠纷，这是医患纠纷解决的最后方式。
优点：通过诉讼解决医疗纠纷，是以国家强制力手段解决，其程序应是最公正的，最具有严肃性和约束力，民事诉讼是解决医患纠纷的最后一道防线，是不能被推翻的最后的解决方式。
缺点：诉讼成本高、程序复杂、效率低，消耗大量的国家司法资源及医患双方的经济和精神资源。更重要的是，医疗行为的专业性和复杂性，决定了医疗纠纷不宜以诉讼为主要解决方式。由于医生是一项技术含量很高的职业，非经专业训练难以对专业问题得出客观科学的评价，而绝大多数法官医学知识缺乏，对有关证据的效力和诉讼进程难以把握，使医疗纠纷的定性和处理困难，相对于其他类型案件的审理显得苍白无力，而其裁决的结果未必令双方均满意，所以其社会效益和社会价值并非最佳。
四、其他解决途径
除了以上三种较为传统的解决方式，医疗纠纷还有其他解决途径，如第三方支持下协商解决、仲裁等。由于仲裁员选任的特殊性，即可以有法律专家又可以有医疗专家共同组成仲裁庭处理纠纷，两个专业的结合使纠纷解决更具效率，但是目前我国医疗纠纷仲裁的案例并不是很多，所以并不着重讨论。
不同的方式都有着自己的优缺点，且处理的结果都是有法律效力的，采取行政裁决的方式进行调解的，若对调解的结果不服，可以书写诉状向人民法院提起诉讼。
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