合资经营企业和合作经营企业在法律上最大的区别是：合资企业是根据合资各方的出资比例分享收益，而合作企业的利润分配比例通常却是在合作合同中事先约定。实践中，合作企业通常的做法是在合作前期外方分得较高比例的利润，合作期满后，企业的固定资产则无偿归中方所有，不进行清算。《合作经营企业法实施条例》第４４条规定，外国投资者除了可以以较高的比例分享利润外，经过有关税务机关和审批机关的审查批准，还可以以其它方式收回投资，包括加速计提折旧。
总之，合作企业的最大优点在于其出资和利润分配方面的灵活性。在中国改革开放的早期，这种方式曾被广泛应用，特别是在宾馆饭店行业中。但对于回收期较长的项目如基础建设和制造业，这种方式通常被认为是不适用的。
另外，合资经营企业必须是以有限责任形式设立的企业法人，而《合作企业法》及其实施条例则提供了设立不具备法人资格合作企业的可能性。
选择设立具备法人资格的合作企业还是不具备法人资格的合作企业？
《合作经营企业法》第２条规定，合作企业如果符合条件，可申请取得法人资格。也就是说，合作企业也可以申请以非独立法人的形式设立。第４条更进一步明确指出，合作企业包括具备和不具备法人资格两种形式。因此，如果外国投资者希望设立合作企业，就有以上两种方式可供选择。
不具有法人资格的合作企业除了必须遵守《合作经营企业法》一般性条款的规定外，还必须遵守《合作经营企业法实施条例》中专门章节（即第９章）的规定。从法律角度看，不具有法人资格的合作企业实际上同普通法系国家的合伙企业没有什么区别。根据《合作经营企业法实施条例》第９章的规定，不具备法人资格的合作企业依照中国民法有关规定承担民事责任。也就是说，合作企业不受有限责任的法律条款的保护。合作各方对合作企业的债务负连带无限责任。同时，合作各方也可以单独或共同以自己的名义拥有合作经营的资产。而且，除了合作企业的帐簿外，合作各方也可以设立单独的帐簿。虽然，《合作经营企业法实施条例》没有明确规定，但合作企业利润可以在税前分配，然后各方按各自分得收入的比例分别纳税的做法已是人人皆知（同时各方还可以利用为外商投资企业所提供的税收优惠）。
通过以上讨论我们可以看出，不具有法人资格的合作企业的最大好处在于其利润可在税前进行分配，而后由合作各方分别向有关的税务当局交税。这一规定非常有助于外国投资者在其所属国税法（及其与中国的税收条约）允许的前提下，进行更为灵活的税务安排并从中受益。
另一方面，不具有法人资格的合作企业的最大弊处在于它的无限责任性质。这一弊处有时会使得外国投资者承担不必要的风险。随着日益增多的产品责任和环境责任诉讼，充分考虑无限责任这一风险并非杞人忧天。为此，外国投资者在考虑是否设立不具有法人资格的合作企业这一问题上，不得不充分权衡利弊。
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