劳动单位和员工之间都存在着劳动关系，这种劳动关系赋予双方的权利以及应尽的义务，在实际生活中，劳动关系的双方往往是一对矛盾的存在体，既相互合作又容易产生矛盾，因为劳动关系发生的纠纷十分常见，一旦发生劳动关系纠纷，就可以按照相关程序进行调解然后签订劳动关系纠纷协议书，双方按照劳动关系纠纷协议书执行即可。
一、劳动关系纠纷调解程序
1、调解申请
指企业劳动争议的双方当事人以口头或书面的形式向企业劳动争议调解委员提出的调解请求。但是，调解并非解决劳动争议的必经阶段，双方当事人可以申请调解，也可以申请仲裁。企业劳动争议调解委员会只有在收到当事人的调解申请后，才能受理并行使调解。
2、案件受理
案件受理是指企业调解委员会在收到调解申请后，经过审查，决定接受案件申请的过程。调解申请可以是双方当事人共同提出，也可以是一方提出，但必须是在双方合意的情况下。
调解委员会受理审查中，主要就三项内容进行审查：一是调解申请人的资格;二是争议案件是否属劳动争议案件;三是争议案件是否属调解委员会受理的范围。调解委员会在对案件进行审查后，就可以做出是否受理的决定，并及时将决定通知双方当事人。
3、进行调查
案件受理后，调解委员会的首要任务是做了调查工作。调查的内容主要包括：争议双方当事人争议的事实及对调解申请提出的意见和依据;调查争议所涉及的其他有关人员、单位和部门及他们对争议的态度和看法;察看和翻阅有关劳动法规以及争议双方订立的劳动合同或集体合同等。
4、实施调解
实施调解是指通过召开调解会议对争议双方的分歧进行调解。调解会议一般由调解委员会主任主持，参加人员是争议双方当事人或其代表，其他有关部门或个人也可以参加。
实施调解有两种结果。一是调解达成协议，这时要依法制作调解协议书。二是调解不成或调解达不成协议，这时要做好刻录，并制作调解处理意见书，提出对争议的有关处理意见。
5、调解协议的执行
调解协议达成后，争议双方当事人都应按达成的调解协议书内容自觉地执行。
二、劳动关系纠纷协议书范本格式
劳动关系纠纷协议书
甲方(公司)：
乙方(员工)：
兹就甲方解除与乙方劳动关系纠纷事宜，经甲乙双方友好协商一致，达成如下协议，以期共同遵守。
一、对于事宜，甲方已经充分理解到自己的做法确实给乙方造成了不良影响，甲方对此向乙方表示歉意，乙方对甲方解除劳动关系之决定不再持有异议。
二、考虑到乙方在甲方工作期间的实际情况，及目前的实际处境，甲方经研究决定向乙方支付一次性补助金，金额为人民币元整;甲方支付乙方之补助费用，已经充分考虑了甲乙双方的实际情况，并本着以人为本的原则，充分体现甲方对乙方的人文关怀，而做出的一次性补助。
三、本协议书签订后，乙方须在三日内向州劳动保障监察支队对双方间的劳动纠纷案件提出撤回申请，甲方签订本协议书当日支付一次性补助费用。
四、甲方将以现金形式支付乙方一次性补助费用，乙方签收领取后即视为甲方已经履行完毕支付义务。
五、乙方承诺自本协议履行完毕后，甲乙双方之间不再存在任何其他未了纠纷，乙方承诺不得再以任何理由向甲方主张任何其他民事权利。
六、甲乙双方约定，双方均应积极履行完毕本协议第三条约定的事项，甲方应按约定向乙方或者经其特别授权的代理人交付上述约定款项，乙方(或者特别授权代理人)收到后应签署收款凭据。如果甲方不按照约定履行付款义务，应该承担相应的违约责任。
七、本协议自双方或特别代理人签字之日起生效。
八、本协议一式四份，双方各执一份，由乙方向有关部门备案二份。
甲方签字并盖章：
乙方：
年月日年月日
发生劳动关系纠纷可以申请仲裁调解，调解委员会会对对方进行调解，如果双方可以达到一致的就可以制定劳动关系纠纷协议书了，制定的劳动关系纠纷协议书要写清楚双方的应该执行的事务，以及其他的约定，同时双方对于劳动关系纠纷协议书的内容要自主的执行，不执行者可以以此向劳动部门进行举报控告。
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